Malesherbes, sa fille, ses petites-filles et leurs maris sont emmenés à Paris ; ils ne sortiront de prison que pour l’échafaud.
D’après Georges Collas, « Dans les prisons de la Terreur », Annales de Bretagne, 1953 : sur une dénonciation, le comité de la section de Bondy fouille l’hôtel du président de Rosanbo, rue de Bondy, et trouve, cachées dans une boiserie, les protestations du parlement de Paris de 1789 et 1790. Le 16 décembre 1793, au château de Malesherbes, on arrête le président ; le 18, toute la famille. Jean-Baptiste, que Malesherbes avait fait cacher une nuit dans une ferme, était revenu. Ses fils, Louis et Christian, trois et deux ans, regardent le convoi partir, d’une fenêtre, dans les bras de leur gouvernante. À Paris, Jean-Baptiste est écroué à la Force le 21 décembre, la famille réunie à Port-Libre (l’ancien Port-Royal) le 5 janvier 1794. Voir les dossiers de Jean-Baptiste, de Malesherbes et d’Aline.
À Londres, Chateaubriand apprend leur mort par les journaux (Mémoires, livre X, chapitre 8).